La prima Gran Loggia Nazionale in Israele fu costituita nel 1933, addirittura prima della creazione dello Stato, e riuniva tutte le Logge che lavoravano sotto le Giurisdizioni Egiziana e Francese. Le logge di lingua inglese, tuttavia, rifiutarono di aderire e continuarono a lavorare separatamente. La mancanza del riconoscimento da parte della Gran Loggia Unita d'Inghilterra comportò comunque un quasi totale isolamento internazionale. C'era perciò la necessità di creare una Gran Loggia che unisse tutte le Logge e che così ricevesse i riconoscimenti esteri.

Questo ideale fu realizzato nel 1953 quando, con una suggestiva cerimonia condotta in Gerusalemme dal fratello Marchese di Elgin e Kincardine, Past Gran Maestro della Gran Loggia di Scozia, fu consacrata la Gran Loggia dello Stato di Israele e Shabetay Levy ( Sindaco di Haifa ) fu installato come primo Gran Maestro.Dalle 30 Logge iniziali, il numero delle stesse all'obbedienza della gran Loggia di Israele creebbe durante gli anni raggiungendo l'attuale numero di circa 70 logge.

Le origini storiche della Libera Muratoria in Terra Santa data dal 13 Maggio 1868 (prima cerimonia massonica in Israele di cui si abbia registrazione), quando il dr. Robert Morris, Past Gran Maestro della Gran Loggia del Kentucky (fondatore fra l'altro dell'Ordine delle Stelle d'Oriente negli USA), condusse una Cerimonia per il rituale di Secret Monitor nella Grotta di Zedekiah, popolarmente nota come le Cave di Re Salomone e situata in profondità sotto le Mura della vecchia città di Gerusalemme. Morris lavorò incessantemente per erigere la prima Loggia massonica regolare in Terra Santa e nel 1873 finalmente raggiunse lo scopo ottenendo una patente dalla Gran Loggia del Canada (Ontario) per la " Royal Solomon Mother Lodge" #293 operante " nella città di Gerusalemme o in luoghi vicini". Questa fu la prima Loggia Regolare in Israele. La maggior parte dei suoi membri erano coloni americani che vivevano a Jaffa, appartenenti a una setta Cristiana chiamata la Chiesa del Messia. La Loggia ebbe vita difficile e fu demolita nel 1907.

La seconda Loggia ad essere formata in Israele fu fondata ufficialmente a Jaffa. Verso il 1890, un grupo di fratelli arabi ed ebrei fece domanda al Rito di Misraim (Egitto) che aveva sede a Parigi, ma che era attivo in Egitto e ottenne il permesso di fondare la Loggia " Le Port du Temple de Roi Salomon ". Tale loggia lavorava in lingua francese. Dopo poco tempo dalla fondazione la loggia ricevette l'afflusso di numerosi altri affiliati, ingegneri francesi che stavano costruendo la ferrovia tra Jaffa e Gerusalemme. Nel 1906, capendo che il Rito di Misraim era non regolare dalla maggior parte delle Grandi Logge del mondo, i fratelli di Jaffa decisero di cambiare l'affiliazione della Loggia e aderirono al Grande Oriente di Francia che era molto attivo in tutto il Medio-oriente. Essi adottarono un nuovo nome Barkai ( Alba) e finalmente si integrarono nella Gran Loggia dello Stato di Israele , quando venne costituita. Questa Loggia è la più antica loggia del paese ancora in funzione e, sebbene ora lavori in ebraico, piuttosto che in francese, essa conserva molte caratteristiche del rituale francese.

Tre altre Logge furono costituite prima della Prima Guerra Mondiale quando il Paese passò sotto il mandato britannico. In quel periodo numerose logge furono costituite all'obbedienza delle Grandi Logge di Egitto,Scozia,Inghilterra e del Grande Oriente di Francia. Alcune di esse sono ancora attive ai nostri giorni.Cinque Logge di lingua tedesca furono fondate nel 1931 dal Gran Maestro della Gran Loggia Simbolica di Germania , Otto Mueffelmann. Egli capì che l' ascesa al potere di Hitler avrebbe colpito a morte la Libera Muratoria in Germania e, con l'aiuto di fratelli tedeschi che erano emigrati in Israele per sfuggire alle leggi razziali dei Nazisti, egli fondò logge in tre città : Gerusalemme, Tel-Aviv e Haifa. Poco dopo in Germania la Massoneria fu proibita e molti fratelli sia ebrei che gentili seguirono il loro triste destino nei campi di concentramento del Reich. Queste Logge mantennero viva la fiamma della massoneria tedesca durante quegli anni bui e dopo la fine della guerra furono uno degli strumenti per rifondare la massoneria regolare in Germania. Oggi la Freimaurer-Loge "Mueffelmann Zur True " di Tel-Aviv lavora ancora in lingua tedesca.

La maggior parte delle Logge israeliane lavora in ebraico, così come ovviamente la maggior parte dei fratelli sono ebrei, tuttavia non esistono volutamente riferimenti statistici in materia di credo religioso dei massoni israeliani , perchè nessuna domanda al riguardo viene fatta ai candidati.. Fratelli israeliani di lingua araba sia Cristiani che Mussulmani o Drusi e anche Ebrei provenienti da paesi arabi lavorano insieme in cinque logge ad Acco, Haifa, Nazareth e Gerusalemme. Un avvocato arabo, Jamil Shalhoub è stato Gran Maestro della gran Loggia di Israele negli anni 1981- 82.

Israele è un paese di immigranti. L'origine cosmopolita si riflette in un gran numero di Logge che lavorano in lingue che non sono l'ebraico. A parte le due lingue ufficiali dello Stato di Israele ( ebraico ed arabo) ci sono logge che lavorano in sei altre lingue . Inglese,Francese, Spagnolo, Tedesco, Rumeno e Turco. Queste logge differiscono non solo per la lingua, ma anche per i loro rituali . Le logge di lingua ebraica e araba lavorano con rituali in accordo con quelli standard approvati dalla Gran Loggia di Israele, basati sul rituale inglese Emulation. Le logge di lingua straniera usano i rituali abitualmente in uso nei rispettivi Paesi. La Loggia Raanana per esempio, che è stata fondata da immigranti dal Sud Africa e Rhodesia, usa i rituali olandesi.

La Libera Muratoria è una delle poche istituzioni che promuove attivamente una migliore conoscenza tra le differenti etnie e i diversi segmenti culturali che compongono la società israeliana, particolarmente tra fratelli ebrei e arabi e anche assiste l'integrazione sociale dei nuovi immigranti.Le logge singole e la stessa Gran Loggia di Israele portano avanti numerose attività di beneficienza, incluse donazioni di costose attrezzature mediche, aiuto ai ciechi e agli anziani, cibo per gli indigenti.

Tre Volumi della Legge Sacra (Bibbia ebraica , Bibbia cristiana, Corano) sono aperti uno vicino all'altro in ogni Loggia di Israele. Il sigillo ufficiale della Gran Loggia include i tre simboli delle tre grandi religioni monoteiste : Magev David (Stella di Davide), la Croce e la Luna Crescente mussulmana, tutti intersecati dalla Squadra e il Compasso Spesso sono tenute riunioni comuni fra logge e talvolta tre o più lingue sono parlate nel corso di una stessa riunione.

La Gran Loggia si riunisce a Tel-Aviv, ma ci sono Case Massoniche in tutte le principali città israeliane, da Nahariya a Eilat. Ad Acco il Tempio è situato nella città vecchia in un edificio medioevale con volte ed archi. A Gerusalemme, la " Freemasons' Hall " ( Casa Massonica ) è situata dentro le Cave di Re Salomone ( dette anche Cave di Re Zedekiah) dove molte volte all'anno vengono svolte riunioni generalmente nel grado del Marchio e in lingua inglese con la partecipazione di numerosi fratelli stranieri.La cava sottoterra potrebbe spiegare quello che è scritto nella Bibbia : " nessun suono di strumenti metallici si udì nella costruzione del Tempio ". Se le pietre erano tagliate sottoterra ovviamente nessun rumore si poteva udire nel luogo della costruzione del Tempio.Naturalmente anche un significato simbolico va considerato.

Re Davide nel 10th secolo prima dell' Era Volgare unificò la Terra Santa sotto il suo governo e stabilì Gerusalemme come capitale dello Stato. Suo figlio Re Salomone costruì poi il Tempio al Dio di Israele che divenne l'Archetipo del Tempio per tutto l'occidente e che è alla base di tutta la tradizione massonica universale.Ci sono otto Logge che lavorano a Gerusalemme, tutte sotto la giurisdizione della Gran Loggia. La maggior parte lavorano in ebraico mentre la " Holy City Lodge " lavora in inglese.

Nel 2003, la Gran Loggia dello Stato di Israele ha celebrato i suoi 50 anni dalla fondazione. Essa mantiene stretti rapporti di fratellanza con le Grandi Logge di tutto il mondo.
Frequenti visite individuali o di delegazioni ufficiali di fratelli da tutto il mondo avvengono ogni anno. Durante tutto il 5756 ( sett 1995-sett.96) , in occasione dei 3000 anni dalla fondazione di Gerusalemme uno speciale attestatato è stato dato ai fratelli stranieri in visita :" Masonic Pilgrimage in Holy Land ".